Kõhulahtisusel on palju erinevaid põhjuseid. Levinumad neist on viirusinfektsioonid, bakteriaalsed nakkused, toidutalumatus, allergia, parasiidid, stress, ärevus, teatud ravimid, alkohol ja kofeiin ning haigused ja seisundid nagu ärritunud soole sündroom, Crohn'i tõbi ja haavandiline koliit.